सांख्यिकी विभाग और कार्यक्रम कार्यान्वयन विभाग के विलय के बाद 15.10.1999 को सांख्यिकी और कार्यक्रम कार्यान्वयन मंत्रालय एक स्वतंत्र मंत्रालय के रूप में अस्तित्व में आया। मंत्रालय के दो भाग हैं, एक सांख्यिकी से संबंधित है और दूसरा कार्यक्रम के कार्यान्वयन से संबंधित है। राष्ट्रीय सांख्यिकी कार्यालय यानी नेशनल स्टैटिस्टिकल ऑफिस (NSO) नामक सांख्यिकी खंड में केंद्रीय सांख्यिकी कार्यालय यानी सेंट्रल स्टैटिस्टिकल ऑफिस (CSO), कंप्यूटर केंद्र और राष्ट्रीय नमूना सर्वेक्षण कार्यालय यानी कंप्यूटर सेंटर और नेशनल सैंपल सर्वे ऑफ़िस (NSSO) शामिल हैं। कार्यक्रम कार्यान्वयन खंड के तीन प्रभाग हैं, जैसे (i) ट्वेंटी पॉइंट प्रोग्राम (बीस सूत्रीय कार्यक्रम) (ii) इन्फ्रास्ट्रक्चर मॉनिटरिंग और प्रोजेक्ट मॉनिटरिंग (अवसंरचना निगरानी और परियोजना निगरानी) और (iii) संसद सदस्य स्थानीय क्षेत्र विकास योजना। इन दोनों भाग के अलावा, भारत सरकार के संकल्प (MOSPI) के ज़रिये राष्ट्रीय सांख्यिकी आयोग बनाया गया है और एक स्वायत्त संस्थान, यानी, भारतीय सांख्यिकी संस्थान को संसद के एक अधिनियम द्वारा राष्ट्रीय महत्व का संस्थान घोषित किया गया है।

सांख्यिकी और कार्यक्रम कार्यान्वयन मंत्रालय देश में जारी आंकड़ों के कवरेज और गुणवत्ता से जुड़े पहलुओं को काफी महत्व देता है। जारी किए गए आंकड़े प्रशासनिक स्रोतों, केंद्र और राज्य सरकारों द्वारा किए गए सर्वेक्षणों और जनगणनाओं और गैर-आधिकारिक स्रोतों और अध्ययनों पर आधारित हैं। मंत्रालय द्वारा किए गए सर्वेक्षण वैज्ञानिक नमूने लेने के तरीकों पर आधारित हैं। फ़ील्ड डेटा समर्पित फ़ील्ड स्टाफ़ के ज़रिये इकट्ठा किया जाता है। मंत्रालय द्वारा जारी आँकड़ों की गुणवत्ता पर ज़ोर देने के अनुरूप, राष्ट्रीय खातों के संकलन से संबंधित कार्यप्रणाली संबंधी मुद्दों में राष्ट्रीय खातों पर सलाहकार समिति, औद्योगिक सांख्यिकी पर स्थायी समिति, मूल्य सूचकांकों पर तकनीकी सलाहकार समिति जैसी देखरेख समितियां शामिल हैं। मंत्रालय मानक सांख्यिकीय तकनीकों को लागू करने और व्यापक जाँच और पर्यवेक्षण के बाद, मौजूदा डेटा के आधार पर डेटा सेट संकलित करता है।